蜂蜜中的主要活性物質是酶。蜂蜜酶的種類十分豐富，這些酶來源于蜜蜂在釀蜜時所分泌，也有少量是由植物分泌的。

有轉化酶（如蔗糖酶、淀粉酶、葡萄糖氧化酶、過氧化氫酶等）、還原酶、脂肪酶等。酶類是有機體的生命活動中不可缺少的物質。蜂蜜中的酶主要是蔗糖酶（轉化酶）、淀粉酶。蔗糖之所以稱為轉化酶，是蔗糖能將花蜜中的蔗糖轉化為具有旋光性的單糖，即左旋糖（α-果糖，果糖）和右旋糖（α-葡萄糖，葡萄糖）。

它在蜂蜜成熟過程中起重要的作用，即把花蜜中的蔗糖轉化為葡萄糖和單糖，并在貯存過程中繼續(xù)作用，使蔗糖含量下降，轉化糖的含量相應升高。但蔗糖酶對溫度反應敏感，蔗糖酶在40～45℃條件下，經過3小時都很穩(wěn)定；當溫度達到50℃，經過1小時，蔗糖轉化酶的損失率達45.56%；當溫度達到60℃時，經過1小時其損失率達86.66%，經過3小時損失率達96.48%。

蜂蜜中的淀粉酶它和其他酶一樣對熱不穩(wěn)定，長期貯存酶值會下降，在常溫下貯存17個月后，淀粉酶的含量可能會是去一半，但淀粉酶的作用至今不明。

實驗表明，淀粉酶在40℃條件下，經過3小時，酶值幾乎無變化；當溫度達到45℃時，淀粉酶值就會下降，經過3小時淀粉酶的損失率為35.46%；在50℃經過3小時其損失率為41.53%；在60℃經過1小時其損失率為48%，3小時損失率為71.75%。

所以，淀粉酶值的高低，可表示蜂蜜的新鮮度和成熟度。由于淀粉酶易于測定，目前世界各地都已淀粉酶值作為蜂蜜質量的重要指標之一。由于蜂蜜含有較多的蔗糖酶和淀粉酶，所以人們使用蜂蜜之后，可以增加食欲和幫助消化，更適宜老人食用。

蜂蜜中還有如葡萄糖氧化酶、過氧化氫酶、磷酸酶以及還原酶、類蛋白酶和酯酶等重要的酶。這些酶主要來自于蜜蜂的唾液，它們是在釀造蜂蜜的過程中加入到蜂蜜中去的。

蜂蜜具有強烈的抑菌作用，蜂蜜中的葡萄糖氧化酶可將葡萄糖氧化為葡萄糖酸和過氧化氫，過氧化氫有很強的殺菌作用。因此，食用蜂蜜可以治療腸炎和胃潰瘍。